Les vestiges d’occupation les plus anciens sur le site d’Issans sont ceux d’un mur gallo romain trouvés lors de la création du lotissement du Villars. Le premier document écrit attestant de l’existence du village date de 1441. Au Moyen-Âge le village faisait partie du comté de Montbéliard et les paysans furent affranchis par la Comtesse Henriette au XVe siècle. Comme toute la vallée du Rupt le village connue de nombreuse guerres du XVe au XVIIe siècle avec tout leurs conséquence: famine, maladie …

Le village devint français en 1793 et changea 4 fois de département : – 1793, département de la Haute-Saône, district de Montbéliard, Canton de Désandans – 1797, département du Mont-Terrible, Canton de Désandans – 1800, département du Haut-Rhin, Arrondissement de Porrentruy, Canton de Désandans – 1802, département du Haut-Rhin, Arrondissement de Porrentruy, Canton de Montbéliard – depuis 1816, département du Doubs, Arrondissement de Montbéliard, Canton de Montbéliard puis de Montbéliard-ouest en 1973 et canton de Bavans depuis 2014.

En 1652, après la guerre de Trente ans, il ne reste qu’environs 40 habitants. Quelques familles de colons suisses s’implantent dans le village et en 1723 la population est de 105 habitants répartis sur 19 feux. D’où le gentilé des habitants d’Issans: les Coucous. La démographie n’augmenta vraiment que quelques siècles plus tard. Ainsi le village comptait 99 habitants en 1801 et monta jusqu’à 163 habitants en 1851. Ce nombre chuta avec l’exode rural et malgré quelques arrivées n’était plus que de 100 personnes en 1968. Il faudra attendre les années 1980 pour le village connaisse une nouvelle croissance et atteigne les 260 habitants.